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L'universitaire Gérard Prunier, un spécialiste de l'Afrique orientale qui a enquêté sur le génocide au Rwanda, a déclaré mardi 30 juin, devant la mission d'information, qu'il « ne retrouve pas la réalité dans les témoignages » des responsables politiques, citant MM. Edouard Balladur, François Léotard, Alain Juppé, Hubert Védrine et Jean-Christophe Mitterrand, ancien chef de la cellule africaine de l'Elysée. Il a évoqué le « masque du discours politico-administratif » estimant que « le rôle de la France a été extrêmement ambigu dans cette tragédie ». M. Prunier a insisté sur « le décalage entre l'officiel et le réel » lorsque le président de la mission d'information, Paul Quilès s'est appuyé sur les télégrammes diplomatiques qu'ont obtenus les députés pour défendre la politique de la France.
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Gérard Prunier a encore affirmé détenir des éléments prouvant la culpabilité des extrémistes hutus dans l'attentat qui causa la mort du président Habyarimana, et qui fut le signal déclencheur du génocide. Mais en raison de « risques pour [sa] sécurité personnelle », il ne les communiquera pas aux députés.